細菌検査室では、提出された検査材料を『塗抹検査』により感染症の原因となるような細菌がいないかなど感染要素の有無を顕微鏡で確認・検証し、その後『培養』によって細菌を増殖させて感染の疑われる病巣を再現、原因となる菌がいるか否かを確認する作業を行っています。さらに、原因菌を見つけた場合には『同定検査』で細菌の種類を特定し、『薬剤感受性検査』でその細菌に対し有効な治療を行うために種々の薬剤による効果判定を実施しています。

検査材料には色々なものがありますが、代表的なものとしては、喀痰・尿・便・穿刺液（胸水・腹水・髄液・関節液など）・血液・各種分泌物・膿などがあります。
中でも喀痰、尿、便などは患者様ご自身で採取いただくことがあり、以下に示す採取時の注意をご参照ください。

スライドグラスと呼ばれるガラス板に感染を起こしていると考えられる部位の検査材料を直接塗りつけて、グラム染色などの染色法を施すというものです。
塗抹標本の観察は、病巣より得られた検体を検査担当者の目で感染の現場検証を行える唯一の手段であり、診断への第1歩となり得ると考えています。塗抹検査のその簡便性と迅速性から絶対的な存在価値を有する検査法と位置づけしています。
塗抹検査に施す染色法は主としてグラム染色というもので、これにより大部分の細菌はその構造上の違いにより、紫あるいは赤色に染め分けられます。この標本を顕微鏡で観察し、細菌の有無、色、形態などを観察し『感染要素』の把握に努め、また感染時に反応性に増加する炎症性細胞の存在を含む『背景』確認することで感染が疑われる部位の『現場検証』を行う検査です。塗抹検査は、細菌検査の中では比較的短時間で判定でき、培養検査を行っていく上で非常に有用な検査であります。
また、結核菌を含む抗酸菌の塗抹検査には集菌法（遠心機により高速回転させ得た沈渣をスライドグラスに塗布する方法）を採用し蛍光染色（ローダミン・オーラミン染色）を施し、抗酸菌の塗抹検査を行っています。
さらに状況に応じて、ディフ・クイック染色やヒメネス染色なども実施しています。

感染が疑われる場合、その部位より検体を採取し、それを培地という細菌が発育するのに必要な栄養源を豊富に含んだものに接種することにより細菌の培養を行います。
培養により細菌は培地上で集落（コロニー）と呼ばれる塊を形成し、肉眼的にも観察できるようになります。このコロニーの形態より細菌を目視同定し、その発育菌量などを総合的に考えることで病原菌を突き止めていきます。
結核菌を含む抗酸菌の培養にはMGITと呼ばれる液体培養を採用し培養時間の短縮を図っています。

塗抹検査所見や培養によって起炎菌と判断され且つ培養により発育を認めた病原菌に対して、どのような抗菌薬・抗生物質が効くのかを知るために行う検査です。この試験の結果は感染症の治療に有効と思われる適切な抗生物質の選択の参考とされ、医師が治療薬剤を選択する場合、薬剤の体内動態、宿主の状態や免疫能、副作用などを総合的に判断し、投与可能な薬剤のうちもっとも適切な薬剤を選択して治療に用います。適切な薬剤の選択に薬剤感受性検査は不可欠なものです。

感染症領域における迅速診断には、病原体特異抗原や病原体に対する抗体などを測定することで、培養ができない、あるいは培養はできるがその微生物の成分の一部を利用して短時間でその微生物の存在を検出することができる検査方法のことです。
約30分程度で判定可能なものがあります。
当センターでは、以下の検査を実施しています。
　・ インフルエンザウイルス
　・ アデノウイルス
　・ A群β溶血性連鎖球菌（化膿性扁桃腺炎などの起炎菌）
　・ RSウイルス（細気管支炎などの原因ウイルス）
　・ ロタウイルス（ウイルス性下痢症の原因ウイルス）
　・ クロストリジウム　ディフィシル毒素A／B
　・ クラミジア抗原
　・ マイコプラズマ抗体
　・ 尿中肺炎球菌抗原
　・ レジオネラ尿中抗原

院内感染（Hospital-acquired infection,、Nosocomial infection）とは、病院や医療機関内で、細菌やウイルスなどの病原体に感染することです。
この院内感染を発生させないために、標準予防策として全ての患者さまに対して行うこととし，感染症であるかないかに関わらず血液，体液，分泌物，及び排泄物，損傷皮膚，粘膜を感染源として扱い，手袋，マスク，ガウン着用などで感染防止に努めています。
細菌検査室としては、感染対策室のみならず、院内感染予防対策委員会の実務担当としてMRSAをはじめとする薬剤耐性菌の動向を調査し提供しています。また感染対策室の構成員として院内感染対策にも取り組んでいます。感染制御医師（ICD）、感染管理看護師（ICN）、薬剤師とともに病棟ラウンドや定期的な研修会を行って院内感染対策に取り組んでいます。